February 16, 2012

Meğer RecA/DNA kompleksi, çamaşır ipindeki gömlek gibi değil de bir ahtapot gibi farklı yerlere tutunarak arama yapıyormuş...

Bu sıralama algoritmalarındaki (örn. quick sort) gibi dizinin farklı yerlerinden pivot bulmak gibi. Yani Divide&Conquer (Böl ve Yönet) mantığıyla uyuşuyor.

Çok ilginç...:)

Alıntı:

>

Önerilen modelleri test etmek için iki zincirli DNA dizisini iki küçük polistiren tanecik arasında gererek halter şeklini alması sağlandı (Sağdaki resimde Polisitren taneciklerin (sarı yuvarlaklar) arasında DNA zincirinin (yeşil) gerilmesiyle oluşan halter biçimi ve DNA zinciri üzerindeki RecA/DNA kompleksi (kırmızı) görülüyor). Lazer yardımıyla polistiren tanecikler yerlerinde sabit tutulabiliyor veya taneciklerden birinin yönlendirilmesiyle DNA dizisinin bobin gibi sarılı hale getirilmesi mümkün oluyordu. Daha sonra bu ortama RecA ve başka bir DNA parçacığı ikilisini ekleyen araştırmacılar, birbirleriyle temas halindeki bu ikilinin DNA dizisine, dizinin gerili bulunduğu halde mi yoksa bobin gibi sarılı bulunduğu halde mi daha iyi bağlandığını gözlemlediler. Sonuç bobin gibi sarılı bulunduğu haldeyken daha kısa sürede ve en verimli şekilde hedefe bağlandığı oldu.
http://haber.sol.org.tr/sites/default/files/fotograf/reca2.jpg
Bulgular RecA'nın DNA boyunca kayarak değil, karmaşık halde duran DNA yığınına aynı anda birçok noktadan temas ederek uygun yeri bulduğu şeklindeki modeli destekliyordu. Yani önünüzde bir tabak spagetti olduğu düşünüldüğünde, protein/DNA kompleksi, tek bir makarna üzerindeki küçük bir noktayı aramak için makarnaları yığın halinde tutup hızlıca bakma yolunu kullanıyordu. Ucuca eklenmiş makarna zinciri üzerinde, her an sadece bir noktayı yoklayarak uzun zincir üzerinde kayma yolunu değil.
Tamamı: http://haber.sol.org.tr/bilim-teknoloji/dna-zincirleri-eslerini-nasil-buluyor-haberi-51614

--
[ Bu gönderi, http://ddili.org/forum'dan dönüştürülmüştür. ]

February 16, 2012

İlginç. Bobin haldeyken birden fazla noktaya bakabilmesi 'skip list' veri yapısını hatırlatıyor:

http://en.wikipedia.org/wiki/Skip_list

Arama algoritmaları arasında da bunu çağrıştıran trot() ve gallop() var:

http://www.d-programming-language.org/phobos/std_range.html#trot

http://www.d-programming-language.org/phobos/std_range.html#gallop

Aslında ikisi de sıralı arama algoritmalarıdır ama tek adımla değil, büyüyen adımlarla ararlar.

Ali

--
[ Bu gönderi, http://ddili.org/forum'dan dönüştürülmüştür. ]